Bismillāhirraḥmānirrraḥīm
Prosiding Seminar Nasional Masyarakat Biodiversitas, Depok
20 Desember 2014
Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 1 (2): 171-176
Ulima Darmania Amanda, Imam Civi Cartealy
Abstrak
Telah dilakukan studi awal isolasi RNA total dari jaringan daging buah (mesokarp) tanaman kelapa sawit (Elaeis guineenssis Jacq. var. Tenera). Isolat RNA total yang baik merupakan syarat untuk penelitian yang berkaitan dengan ekspresi gen. Penelitian bertujuan untuk memperoleh metode ekstraksi RNA total dengan kualitas dan kuantitas yang optimal. Sampel jaringan yang digunakan adalah daging buah muda dari kelapa sawit varietas Tenera dengan perlakuan penyimpanan beku (frozen) dan jaringan segar (fresh). Buffer denaturan yang digunakan dalam penelitian berasal dari kit ekstraksi RNA, yaitu buffer RLT (mengandung guanidin tiosianat/GITC) dan RLC (mengandung guanidin hidroklorida/GuHCL). Secara kualitatif, hasil ekstraksi RNA dianalisis melalui elektroforesis gel agarosa 1%. Isolat RNA total yang diperoleh dalam penelitian mempunyai kualitas yang optimal, ditunjukkan melalui fluoresensi pita 18S rRNA dan 28S rRNA dengan ketebalan (intensitas) dan ketajaman yang baik. Kuantifikasi isolat RNA total dilakukan dengan bantuan alat spektrofotometer melalui pengukuran absorbansi UV pada panjang gelombang 260 nm (A260). Konsentrasi RNA total tertinggi diperoleh pada sampel beku yang diekstraksi menggunakan buffer RLC (sampel D), yaitu sebesar 641,52 ng/µL. Keberadaan kontaminan juga diketahui melalui spektrofotometer, dengan mengukur besar perbandingan (rasio) A260 terhadap A280 dan rasio A260 terhadap A230. Sampel D mempunyai kemurnian yang paling baik diantara semua sampel dengan nilai A260/A280 dan A260/A230 paling mendekati 2,0 ± 0,1.
Abstract
High-quality of RNA isolates is a good start for research related to gene expression. A preliminary study about total RNA isolation from oil palm (Elaeis guineenssis Jacq. Var. Tenera) tissue pulp (mesocarp) has been conducted. The research aims to obtain total RNA extraction method with optimal quality and quantity. The sample that is used is fresh & frozen mesocarp of a young fruit Tenera oil palm. Buffer denaturant used in the study came from RNA extraction kit, the buffer RLT (containing guanidine thiocyanate / GITC) and RLC (containing guanidine hydrochloride / GuHCL). Qualitatively, the extracted RNA was analyzed by 1% agarose gel electrophoresis. Total RNA isolates obtained in the study have an optimal quality, demonstrated through thickness (intensity) and good sharpness of 18S rRNA and 28S rRNA fluorescence band. Total RNA isolate quantification was completed with the aid of a spectrophotometer by measuring the UV absorbance at a wavelength of 260 nm. The highest concentration of total RNA obtained on frozen samples were extracted using RLC buffer (sample D), which amounted to 641.52 ng / mL. The existence of contaminants is also known through a spectrophotometer, by making comparison (ratio) of A 260 to A 280 and A 260 to A 230. Sample D showed good quality among all the samples with an A 260 / A 280 and A 260 / A 230 closest to 2.0 ± 0.1.
Subhanakallahumma wa bihamdika, asyhadu al-laa ilaaha illaa anta, astaghfiruka, wa atuubu ilaik.
